Tata letak peti kemas merupakan suatu faktor yang berpengaruh di dalam fleksibilitas penanganan peti kemas (container handling) di container yard. Pengaturan tata letak peti kemas (yard layout) ini mempengaruhi efisiensi penggunaan rubber tyre gantry dan head truck, sehingga perlu ditetapkan tipe tata letak peti kemas dan banyaknya gang dalam tata letak. Desain yang terbentuk akan berpengaruh pada jarak perjalanan head truck. Ada banyak penelitian tentang yard layout, salah satunya adalah penelitian Kim, Park dan Jin (2007). Dalam penelitian tersebut memperkenalkan dua tipe yard layout, yaitu parallel layout (peti kemas disusun parallel dari dermaga pada tiap modul/bloknya) dan perpendicular layout (tipe tata letak peti kemas di mana blok dipersiapkan tegak lurus/vertikal pada gerbang ataupun pada dermaga). Terminal Peti Kemas Semarang (TPKS) saat ini menggunakan parallel layout. Untuk meningkatkan efektifitas dan efisiensi waktu pengangkutan diperlukan analisa kebijakan penataan ruang dalam pengelolaan wilayah pelabuhan. Dari hasil perbandingan tata letak peti kemas di Terminal Peti Kemas Semarang (TPKS), perpendicular layout dapat meminimasi jarak terjauh perjalanan head truck dari dermaga ke yard. Pada layout awal (parallel layout) jarak perjalanan terjauh yang harus ditempuh sepanjang 880 m, total jarak perjalanan sepanjang 4.492.065,6 m dengan biaya bahan bakar sebesar Rp 4.042.858,5,-. Dengan perpendicular layout mampu mengurangi jarak perjalanan terjauh menjadi 447,72 m (berkurang 449%), jarak total perjalanan sepanjang 2.514.671,6 m (berkurang 44%) dengan biaya bahan bakar sebesar Rp 2.263.203,-(berkurang 44%).